Não há nada mais controvertido que a origem do topônimo Jaboatão. Van-Hoeven Ferreira Veloso afirma em seu livro Jaboatão dos Meus Avós que Jaboatão vem de yapoatam, topônimo é de origem neengatu, tronco do tupi-guarani que era falado na região da costa brasileira, significando portanto: "tronco linheiro, reto, nome de uma árvore da qual se fabricavam mastros para embarcações e, tudo indica, nas matas de Jaboatão havia abundância dessa árvore". A palavra Yapoatan passou a ser aceita como topônimo que deu origem a Jaboatão, se incorporando ao cotidiano da cidade. Segundo Silveira Bueno, estudioso do tupi-guarani, a letra J geralmente substitui, o Y: Yacy passa a Jacy; Yuru para Juru e por este mesmo processo teria acontecido com Inhabatã que se transformou em yapoatã, depois jaboatã e finalmente, Jaboatão.

O historiador e professor Orlando Breno de Araújo, falecido em 1997, contesta tais afirmações em seu importante livro Jaboatão Sua Terra Sua Gente, perguntando "como uma árvore que ninguém conheceu nem pode nunca ser identificada poderia dar nome ao rio a ao município? Em sua opinião, o nome Jaboatão vem de yaboaty-atam, cágado que anda devagar ou andar como cágado, devido a grande quantidade de cágados que havia nas margens do rio. O professor Orlando Breno se baseia no fato da Carta de Sesmaria, escrita muito antes da formação do povoamento, mencionar o rio como rio Jaboatão, diz a Carta: "em 1565 as terras da ribeira do Jaboatão começaram a ser doadas, etc". Portanto, o nome foi dado, primeiramente, ao rio e posteriormente ao município, visto que, como lembra Orlando Breno:"muito antes que nelas [as terras de Jaboatão] fossem fundados os primeiros engenhos de açúcar e conseqüentemente, o primeiro núcleo populacional. Logo – está claro e evidente – foi o rio que deu o nome ao município.

Outra possível origem seria yauapoatã, yaua ou iauá que significa jaguar; poatã significa mão rija, mão firme, defendida por Tomás Sampaio. Trata-se de um fruto cheio de espinhos e que os índios comparavam-no a uma mão áspera, como a mão de uma onça com as unhas estendidas. Outra hipótese é ya, significa o que tem; po ou bo, fibra, madeira e a'ntã, significa dura, portanto, madeira muito dura.

Fonte:
MARCENA, Adriano. Jaboatão: histórias e lutas. 4.ed. Jaboatão dos Guararapes, IAMAR, 2007. il